Für die Steuerung der Lokomotive stand ein mit 36 Volt Gleichstrom betriebenes Bordnetz zu Verfügung. Diese wurde mit Gleichstrom ab dem Umformer zur Batterieladung betrieben. Bei ausgeschaltetem Hauptschalter stellten die eingebauten Batterien die Versorgung der Steuerung sicher. Mit der Wahl dieses Systems konnte man auf viele Bauteile von anderen elektrischen Lokomotiven und Triebwagen zurück greifen.

Der Führerstand entsprach in vielen Punkten wieder jenem der Diesellokomotive Em 3/3. Das heisst, es war an Stelle des durchgehenden Führertisches nur ein Korpus vorhanden. An diesem Korpus waren alle für die Bedienung wichtigen Elemente vorhanden. Dadurch war der Führerstand auf beiden Seite auf seiner ganzen Länge begehbar, was auch durch die zusätzlichen kleinen Fenster von aussen erkennbar war.

Die Lokomotive war sowohl für stehende, als auch sitzende Bedienung ausgelegt worden. Als Sitzgelegenheit wurden zwei bewegliche Hocker im Führerstand angeordnet. Diese Ausrüstung entsprach den üblichen Rangierlokomotiven, welche anfänglich noch für reinen stehenden Betrieb ausgelegt wurden, dann aber auch mit einem Hocker nachgerüstet wurden. Der Hocker erlaubte auch, dass sich das Personal nur an der Sitzgelegenheit anlehnen konnte.

Die Bedienelemente der Lokomotive waren an und auf dem Korpus, der einem Führertisch entsprach, angeordnet. Dieser Korpus entsprach weitgehend jenem der Em 3/3, hatte jedoch einige zusätzliche Bedienelemente, die vom elektrischen Betrieb unter den vier Stromsystemen her rührten. Auch sonst wurden einige Elemente, wie die Inbetriebsetzung der elektrischen Lokomotive angepasst. Ein Dieselsteuerschalter wäre auf einer elektrischen Lokomotive fehl am Platz gewesen.

An die Stelle des Dieselsteuerschalters der Em 3/3 trat nun ein kleiner Verriegelungskasten. In diesem waren alle zur Inbetriebnahme der Lokomotive notwenigen Steuerschalter vorhanden. Darunter befanden sich also die Schalter für Steuerstrom, Stromabnehmer, Beleuchtung und Hauptschalter. Gegenüber anderen damit ausgerüsteten Lokomotiven konnte er viel kleiner ausgeführt werden, da zum Beispiel die Zugsammelschiene fehlte.

Die Zugkraft der Lokomotive wurde hingegen mit einem Handrad, das im Gegensatz zum senkrecht nach oben montierten Hebel der Diesellokomotiven,  bedient. Hier wurden also die Bedienelemente der Em 3/3 verwendet, was dank der speziellen Steuerung der Lokomotive möglich war. Die Zugkraft wurde aufgebaut, indem der Hebel nach vorne gedrückt wurde. In der Gegenrichtung baute sich die Bremskraft auf. Dabei arbeiteten die Hebel der beiden Bedienseiten spiegelverkehrt.

Sofern der Wendeschalter der Lokomotive durch die Steuerung in eine definierte Fahr- oder Bremsstellung verbracht wurde, konnten die Fahrmotortrennhüpfer geschlossen werden. Während die Schaltungen fahren / bremsen mit dem Fahrschalter geschaltet wurden, war auf dem Korpus ein Schalter zur Wahl der Fahrrichtung vorhanden. Eine Verriegelung verhinderte, dass der Fahrschalter ausgelegt werden konnte, wenn keine Fahrrichtung gewählt war.

Das auf- oder abschalten der einzelnen Fahrstufen geschah mittels elektromechanischem Servokontroller und war mit dem Fahrschalter ohne merkliche Rastrierungen verstellbar. Der Lokführer bewegte den Fahrschalter in Richtung fahren, worauf die Steuerung der Lokomotive die Regelung der Fahrstufen und der maximalen Fahrmotorströme übernahm. Die nächste Stufe wurde also erst zugeschaltet, wenn dies vom Strom her zulässig war.

Bei Betrieb der Lokomotive unter Wechselstrom steuerte der Servokontroller die Gittersteuersätze der Gleichrichter mittels Potentiometer in 19 Fahrstufen an. Danach wurden die Schütze zur Stromumkehrung der Fahrmotor-Fremderregung angesteuert. Die Fahrmotoren wurden nun mit einer immer stärkeren Feldschwächung betrieben. Nicht mehr aufgeschaltet werden konnte beim erreichen der 26ten Fahrstufe.

Wurde mit der Lokomotive unter Gleichstrom gefahren, steuerte der Servokontroller zuerst den Trennhüpfer zum Fahrmotor an. Danach wurden die einzelnen Fahrstufen mit Hilfe der Stufenhüpfer geschaltet. Dabei wurden an Stelle von Anzapfungen am Transformator, sukzessive die Anfahrwiderstände kurzgeschlossen. So konnten die ersten 16 Fahrstufen geschaltet werden. Ab der 17. Stufe wurden wieder die Schütze zur Feldschwächung der Fahrmotoren eingeschaltet. Hier waren jedoch nur 21 Fahrstufen verfügbar.

Dem aufmerksamen Leser ist es vielleicht aufgefallen, dass die Lokomotive unterschiedliche Steuerungen der Fahrmotorströme bei Wechselstrom und Gleichstrom besass. Während beim Gleichstrom eine klassische Hüpfersteuerung vorhanden war, behalf man sich beim Wechselstrom einer modernen Phasenanschnittsteuerung. Sie entsprach jedoch noch nicht den Standards, die mit den Thyristorsteuerungen der RBDe 560 bei den SBB eingeführt wurden.

Die unterschiedliche Stufensteuerung hörte man auch im Betrieb. Während die Lokomotive unter Wechselstrom relativ lautlos die einzelnen Fahrstufen schaltete und erst gegen Schluss zu Schützen greifen musste, kam bei Gleichstrom die Hüpfersteuerung zum Einbau. Diese war dann durch die einzelnen Schaltungen gut zu hören, was klar als Zeichen für den Betrieb und Gleichstrom gewertet werden konnte.

Wurde der Fahrschalter in Richtung bremsen bewegt, wurden zuerst die Wendeschalter umgruppiert und die Lokomotive so auf den elektrischen Bremsbetrieb umgeschaltet. So wurde zuerst die elektrische Widerstandsbremse bis zur maximalen Leistung eingeschaltet. Reichte diese nicht mehr aus, oder wurde der Fahrschalter weiter abgesenkt, wurde die pneumatische Rangierbremse zusätzlich noch aktiviert. Bei ganz durchgedrücktem Fahrschalter war dann nur noch die Rangierbremse wirksam.

Die Priorität lag also bei der stufenlos schaltbaren Widerstandsbremse. Dadurch wurde der Verschleiss bei den Bremsbelägen massiv verringert, da sehr oft mit der elektrischen Bremse abgebremst wurde. Dabei war die elektrische Bremse auch eine grosse Hilfe, wenn mit der Lokomotive in den Bahnhöfen Höhenunterschiede befahren werden mussten. Für den Streckendienst reichte die elektrische Bremse jedoch nur um die Lokomotive in steileren Gefällen auf Geschwindigkeit zu halten.

Die Ee 3/3 IV war daher die einzige elektrische Rangierlokomotive der damaligen Zeit, die ohne Hilfe eines anderen Triebfahrzeuges die Steilen Gefälle der Gotthardstrecke befahren konnte. Daher hätten die Maschinen auch in alleiniger Fahrt überführt werden könnten. Die technischen Voraussetzungen dazu waren also vorhanden.

Um angekuppelte Wagen oder auch die Lokomotive mit der automatischen Bremse abbremsen zu können, war auf dem Korpus beim rechten Führerstand ein normales Führerbremsventil montiert worden. Daher galt auch diese Lokomotive als mit einem rechts angeordneten Führerstand ausgerüstet. Da jedoch die Seite ohne Probleme auch auf der Fahrt gewechselt werden konnte, war das kein Mangel.

Die Anzeigen für Geschwindigkeit, und die Ströme sowie die Spannung der Fahrleitung war auf dem Korpus an der vorderen Stirnwand angeordnet worden. Die Anzeige der Geschwindigkeit wurde mit einem Geschwindigkeitsmesser aus dem Hause Hasler ausgerüstet. Dieser Geschwindigkeitsmesser besass eine Farbscheibe zur Aufzeichnung des zuletzt gefahrenen Weges. Eine Registrierung der Fahrdaten über eine längere Zeit war jedoch nicht vorhanden.

Auch die einzelnen Luftdrücke wurden ebenfalls an diesem Aufbau angezeigt. Vorhanden waren die Anzeigen für die Hauptluftbehälter, die Hauptleitung und für den Bremszylinder. Es waren hier also die üblichen Anzeigen vorhanden. Damit diese in beiden Fahrrichtungen sichtbar waren, wurden sie zusammen mit der Anzeige der Ströme auch bei der Rückwand montiert. Dazu war ein kleiner Korpus vorhanden.

Auf diesem rückseitigen Korpus wurde auch die Kurbel der Handbremse montiert. Sie war mit einer Lochscheibe ausgerüstet und konnte mit Hilfe eines an einer Kette montierten Stiftes arretiert werden. So wurde verhindert, dass sich eine angezogene Handbremse ungewollt lösen konnte. Da die Kurbel aber im gelösten Zustand immer wieder in den Durchgang reichte, wurde sie auch im gelösten Zustand arretiert, was eigentlich nicht erlaubt gewesen wäre.

Die Ee 3/3 IV war weder mit einer Zugsicherung noch mit einer anderen Sicherheitseinrichtung, wie in der Form einer Sicherheitssteuerung versehen worden. Auch hier gab es keine Unterschiede zu den restlichen Rangierlokomotiven, ob diese nun elektrisch oder mittels Dieselmotor angetrieben wurden. Die SBB erachteten solche Einrichtungen bei Rangierlokomotiven nicht als sinnvoll und verzichtete daher lange Jahre auf den Einbau von Sicherheitseinrichtungen.

Jedoch war bei der Lokomotive eine spezielle Schutzeinrichtung vorhanden. Im Rahmen wurde ein Empfänger montiert, der magnetische Felder erkennen konnte. Dieser reagiert auf entsprechend im Gleis montierte Magnete und löste den Hauptschalter automatisch aus. Mehr passierte jedoch nicht, es war nur eine automatische Auslösung des Hauptschalters.

Zur Anwendung kam diese Einrichtung in den betreffenden Bahnhöfen bei den Systemschutzstrecken. So konnte sicher verhindert werden, dass die Lokomotive eingeschaltet in die Schutzstrecke fährt und so eventuell eingeschaltet in ein anderes Netz fahren konnte. Nach der Schutzstrecke konnte die Lokomotive durch den Lokführer wieder eingeschaltet werden.

Beleuchtet wurde die Lokomotiven mit den üblichen drei in Form eines A angeordneten Stirnlampen. Diese konnten nur weiss leuchten. Die entsprechenden Farben oder die Abblendung wurden mit Vorsteckscheiben dargestellt. Die obere Stirnlampe der vorderen Seite der Lokomotive wurde zudem mit einem weissen V versehen und kennzeichnete die Vorwärtsrichtung der Lokomotive.

Weitere Beleuchtungen gab es nur noch im Führerstand. Dort war neben den einzelnen Beleuchtungen der Anzeigen und des Geschwindigkeitsmesser noch die eigentliche Führerraumbeleuchtung vorhanden. Der entsprechende Steuerschalter für die Beleuchtung befand sich auf dem Korpus. Die einzelnen Lampen konnte mit Schaltern an den jeweiligen Stirnwänden eingestellt werden.