Auch bei den Lokomotiven der Lötschbergbahn, die natürlich mittlerweile einen neuen Namen hatte, änderte sich mit dem Wechsel auf den neuen Abschnitt beim Betriebseinsatz nicht viel. Die in der Firma eingesetzten Lokomotiven deckten in erster Linie die Interregio von Bern nach Luzern ab. Zusammen mit den Pendelzügen aus Einheitswagen III befuhren sie so das Emmental und das luzernische Entlebuch.

Daneben gab es bei den Lokomotiven der Lötschbergbahn jedoch immer wieder Einsätze im Güterverkehr. Zwar hatte das Unternehmen dort eine grosse Zahl neuer Baureihen, die aber auch im Ausland verkehrten und so lange an einen Zug gebunden waren. Fehlte eine Re 425 wurde die verbliebene Lokomotive mit einer Re 465 kombiniert. So konnte man den Zug führen ohne dass man Lokomotiven einmieten musste.

Hier kann gesagt werden, dass die Lokomotiven Re 465 kaum von der eigenen Vielfachsteuerung Gebrauch machten. Vielmehr wurde die Maschine im Pendelzug über das System Vst IIId versorgt und bei der Vielfachsteuerung musste sich die Lokomotive der Re 425 anpassen. Die Dolmetscherschaltung hatte sich daher auf den Lokomotiven bewährt. Ein Punkt, der bei kleineren Bahnen immer wieder beobachtet werden konnte.

Weiterhin waren einige Lokomotiven an Railcare ausgemietet worden. Diese führten für einen Schweizerischen Grossverteiler die Züge durch die Schweiz und erreichten so auch das Tessin in regelmässigen Fahrten.

Speziell hier war jedoch, dass Railcare Re 465 bei der BLS AG mietete, der Grossverteiler für den man fuhr, jedoch an einer Re 460 der Schweizerischen Bundesbahnen SBB Werbung machte. Natürlich ge-fiel das SBB Cargo nicht besonders.

Im Betrieb kam es zudem immer wieder zu Überführungen der ausgemieteten Lokomotiven in ein Depot der BLS. Dort erfolgte nähmlich der Unterhalt. 

Dunkle Wolken zogen bei den Lokomotiven Re 465 im Frühjahr 2015 auf. Das Unternehmen beab-sichtigte, die Züge im Entlebuch durch neue Triebzüge zu ersetzen.

Damit hätten die Maschinen die letzten regulären Züge im Fernverkehr verloren. Die Lokomotive der Lötschbergbahn würde daher wieder mehr in den Güterverkehr verdrängt. Gerade die langfristige Vermietung zeigte auf, dass man auf diese Maschinen auch verzichten konnte.

Die Hauptrevision R3, die auch bei diesen Lokomotiven dereinst anstehen würde, war keine leichte Aufgabe. Die Schweizerischen Bundesbahnen SBB hatten diese Erfahrung mit den Re 460 gemacht und eine Modernisierung beschlossen. Das eröffnete für die Re 465 mehrere Möglichkeiten. So konnte man die Lokomotiven ausmustern, das Programm der Staatsbahn übernehmen, oder ein eigenes Programm ins Leben rufen.

Eines war auf jedenfalls sicher, auch die Teile, die der Re 465 mehr Leistung geben sollten, waren auf dem Markt längstens nicht mehr erhältlich. Die GTO der ersten Stunde hatten gegen die wesentlich besseren IGBT verloren.

Das bekamen die Lokomotiven der damaligen Gene-ration immer mehr zu spüren. Nach 20 Jahren war es schwer eine Lokomotive mit Umrichter zu revi-dieren. Die Zeit war für gute Lokomotiven zu kurz-lebig.

Schliesslich fällte man in den Büros der BLS AG einen Entscheid, der über die Zukunft der Re 465 entscheiden sollte. Sollte auch jetzt die Re 460 der Schweizerischen Bundesbahnen SBB endgültig sie-gen?

Denn mit dem Refitprogramm der Staatsbahn, wäre die Maschine der BLS technisch definitiv zu einer Lok 2000 der ersten Generation geworden. Doch noch musste man sich in Spiez entscheiden, doch die Revisionen konnten nicht warten.

Mit der Auslieferung von neuen Lokomotiven Re 475 entspannte sich die Lage der BLS jedoch. Zudem hatte auch Railcare solche Maschinen bestellt, so dass die Re 465 wieder vor eigenen Zügen verwendet werden konnten. Im Nahverkehr wurden die Maschinen nicht benötigt, da dort Triebzüge verkehrten, aber bei den Einheitswagen III konnten nun vermehrt die Lokomotiven der Baureihe Re 420.5 ersetzt werden.

Zudem begann die BLS AG mit der Ausmusterung der Baureihe Re 425. Diese wurden wegen den neuen Regeln im Einsatz sehr teuer. Daher verschwanden dort die ersten Modelle. Ersatz gab es meistens durch die Re 465, welche dank der vorhandenen Dolmetschersteuerung auch mit den Pendelzügen der BLS verkehren konnten. Doch das war auch eine Folge der Abgabe einiger Güterzüge an andere EVU.

Im Frühjahr 2022 wurden die der Revision entlassenen Maschinen der Reihe Re 465 bei der Vielfachsteuerung verändert. Bisher konnten diese mit den älteren Modellen kombiniert werden. Nun sollten auch die neuen Baureihen kombiniert werden. So schwer war der Umbau eigentlich gar nicht, denn es musste einfach eine passende Schnittstelle vorhanden sein. In dieser wurde dann das Signal von der ZMS für die Lokomotive passend umgewandelt.

Kaum als die Zulassung vorhanden war, war die damit versehenen Lokomotive mit der Nummer 465 012 am 02. Juni 2022 in einen Unfall verwickelt. In einem Lokomotivzug an zweiter Stelle eingereiht, folgte sie der Baureihe Re 475 von Spiez nach Basel. In Zollikofen kam es aber zu einem Unfall mit einem Güterzug von SBB Cargo. Die beiden Lokomotiven knallten mit grosser Kraft in den stehenden Zug und schoben diese nach vorne.