Die Lokomotive war, als sie abgeliefert wurde, ausgereift. Deshalb kam es lange nicht zu grösseren Umbauten oder zur Eliminierung grober Fehler. Die Bm 4/4 blieb jedoch nicht ohne Änderungen. Diese waren aber oft mit verbesserten Möglichkeiten, die während der Ablieferung umgesetzt wurden, verbunden und entsprachen nicht immer die ganze Serie Lokomotiven. Daher gab es bei dieser Lokomotive innerhalb der Serie immer wieder kleinere auch für die Bedienung wichtige Unterschiede.

Nach kurzer Zeit stellte man fest, dass die Motoren häufige Schäden hatten, die auf eine ungenügende Vorschmierung zurückgeführt werden konnten. Man erkannte, dass hier die Disziplin beim Lokomotivpersonal unterschiedlich war. So schmierten einige nur kurz vor, und andere machten sich die Mühe, nach den Grundlagen zu arbeiten. Die Folge davon konnte man bei den Motoren erkennen und so musste man eine andere Lösung suchen.

Durch den Einbau einer automatischen Vorschmierung ab der Lokomotive 18'427 konnten die Schäden am Motor bei diesen Lokomotiven verringert werden. Man erkannte daher, dass die Probleme klar auf die ungenügende oder sogar vergessene Vorschmierung zurückgeführt werden konnte. Die Umstellung der restlichen Lokomotiven ältere Baujahre unterblieb jedoch anfänglich und begann erst Jahre später.

Die automatische Lösung für das Problem mit der Vorschmierung war einfach und konnte mit einer automatischen Pumpe gelöst werden. Wenn der Lokführer den Dieselmotor mit dem Dieselsteuerschalter startete, wurde zuerst die automatische Vorschmierung während 45 Sekunden aktiviert und der Anlassvorgang unterdrückt. Erst wenn die benötigte Vorschmierung abgeschlossen war, fiel die Unterdrückung ab und der Motor startete im gewohnten Stil.

Der ursprünglich auf Vorbauhöhe befindliche Auslass für die Abgase führte oft dazu, dass die Abgase in das Führerhaus gelangten. Zum einen, waren die darin enthalten Kohlenmonoxyde gefährlich und das Lokomotivpersonal bekundete nach Einsätzen auf der Bm 4/4 Kopfschmerzen. Zudem war der unangenehme Geruch der Abgase, die sich in den Kleidern niederliessen, ein gesellschaftliches Problem. Die Lokomotive bekam, weil man nach einem Einsatz auf der Lokomotive wie in Petrol gebadet stank, schnell den Übernahmen „Petrolfass“.

Dieser Zustand konnte nicht bestehen bleiben. Zwar erachtete man das Problem mit dem unangenehmen Gestank bei der Bahn noch als untergeordnetes Problem. Mit anderen Worten, man sah keinen Handlungsbedarf. Viel grösser waren die gesundheitlichen Probleme und die damit anfallenden Ausfälle beim Personal. Die Idee war anfänglich klar, die Lokomotive musste einfach besser gelüftet werden. Jedoch reichte diese Massnahme nicht aus.

So entschloss man sich, der Lokomotive einen Kamin zu geben. Dieser sollte die Abgase weiter oben ausstossen und so über den Führerstand leiten. Dieser Kamin, der durch die Wärme der Abgase schnell mit Rost überzogen war, verbesserte die Luftverhältnisse im Führerstand. Zwar konnten eindringende Abgase immer noch nicht vollständig verhindert werden, doch wurden diese Vorkommnisse drastisch reduziert und waren nun oft eine Folge von ungünstigen Witterungsverhältnissen.

Ein weiteres Problem der Lokomotive, war die elektrische Bremse. Zwar funktionierte sie gut und sorgte im Rangierdienst für keinerlei Beanstandungen. Im Gegenteil, man war vom Erfolg dieser Bremse überzeugt und nutzte sie so oft es ging und ohne Probleme. Probleme gab es nur mit den auf der Strecke eingesetzten Lokomotiven und hier auch nur im Jura und am Gotthard.

Wenn die Lokomotive die starken Gefälle am Gotthard oder die ähnlichen Abschnitte im Jura befuhr, kam es immer wieder zu Überlastungen der elektrischen Bremse. Dabei musste das Lokomotivpersonal die vorgegebenen Werte auf den langen Talfahrten überschreiten, denn die Vorgaben reichten nicht aus, um den Vorschriften einer Talfahrt ohne Anwendung der pneumatischen Bremse zu ermöglichen. Es kam dabei sogar zu Bränden in den Widerständen und noch mehr zu Ausfällen der elektrischen Bremse.

Wollte man diese Probleme lösen, musste die Lokomotive besser elektrisch bremsen. Insbesondere die Leistung über eine längere Dauer musste verbessert werden. Eine Verstärkung der Bremse kam aber nicht in Frage, denn der Platz auf dem Dach fehlte dazu. Man konnte also nicht die Leistung erhöhen und musste die Vorschriften anpassen, so dass die Lokführer eine spezielle Fahrweise einhalten mussten.

Da es aber immer noch zu Problemen kam, wurde der Lokomotive eine Überwachung der Bremskräfte eingebaut. Wurden nun die Stromwerte längere Zeit überschritten, gab es im Führerstand einen Summton und der Lokführer wusste nun, dass er die Stromwerte wieder reduzieren musste. Dadurch waren unbewusste Fehlhandlungen verhindert worden und die Störungen reduzierten sich dadurch.

Die Lokomotiven wurden aber auch den neuen Anforderungen angepasst. So wurden bei den Lokomotiven an den Stossbalken Luftanschlüsse der Speiseleitung angebracht. Diese wurde hauptsächlich im Rangierdienst oder bei Fahrten mit Reisezugwagen benötigt.

Letztlich wurden die Bm 4/4 auch von der Änderung beim Anstrich eingeholt. Die Lokomotiven wurden neu rot. Dabei beliess man jedoch die Lokomotivbrücke im Grau der Drehgestelle. Die Lokomotive sah so etwas eleganter und länger aus. Neu waren dabei auch die nun angebrachten Bahnanschriften mit Logo und den Abkürzungen in allen drei Landessprachen.

Die ursprünglich auch hier vorgesehene Einführung der neuen Nummern mit sechs Stellen und Kontrollziffer, wurde jedoch nicht mehr umgesetzt. Die Bm 4/4 wurden daher nie zu den geplanten Bm 840 umgezeichnet und behielten ihre Nummern daher auch nach einem Neuanstrich bei.

Nachdem man damit begann, die Güterwagen mit kleinen rechteckigen Puffertellern auszurüsten, baute man solche Puffer auch bei den Bm 4/4 ein. Dadurch entfielen die runden und unterschiedlichen Pufferteller und die neuen kräftigen rechteckigen Pufferplatten wurden verwendet. Die Umrüstung erfolgte innerhalb kurzer Zeit bei allen Lokomotiven.

Nachdem es immer zu Schäden mit gefrorenem Kühlwasser kam, musste man hier Verbesserungen umsetzen. Die neu übernommenen Am 841 zeigten klar, dass man Diesellokomotiven auch mit Kühlwasser betreiben konnte, das mit Frostschutz versetzt war. Die Bm 4/4 erhielten daher auch Kühlwasser mit Frostschutz. Dadurch konnte man auf das ablassen des Kühlwassers verzichten, die Vorheizung beliess man aber weiterhin.

Da die Vorschriften in der Schweiz ab dem Jahre 2009 bei allen Fahrzeugen mit Führerstand eine Balisen-Erkennung verlangten, musste man auch bei den Bm 4/4 handeln. Diese Lokomotiven wurden mit ETM ausgerüstet, erhielten jedoch kein ZUB 121, sondern nur die Erkennung der Signale der Zugsicherung ab Balisen. Lokomotiven, die noch nicht ausgerüstet waren, mussten jedoch geschleppt überführt werden, was zu mehr Schleppfahrten führte.

Eine kleine Anpassung gab es dann bei den Lokomotiven noch im Jahre 2010. Die geschleppten Bm 4/4 waren mit ihrer Höchstgeschwindigkeit von 75 km/h immer mehr hinderlich geworden. Die Güterzüge fuhren grundsätzlich 80 km/h oder schneller. Die geschleppten Überfuhren von Bm 4/4 sorgten daher immer wieder für Verspätungen. Daher beschloss man, nach anfänglichen Versuchen, die Bm 4/4 geschleppt mit 80 km/h zu überführen.

Die geringe Zahl von Veränderungen zeigt deutlich, wie gut man mit der Lokomotive zu frieden war. Technische Mängel oder gar ungenügende Bauteile gab es indes eigentlich nicht. Die meisten Veränderungen wurden auch nur umgesetzt, um entweder das Lokomotivpersonal gesundheitlich oder vor ungewollten Fehlern zu schützen. Die einzige Lösung, die schnell auf allen Lokomotiven umgesetzt wurde, war daher auch der Kamin.